Norton Ghost...

Atualmente estou com 2 HDs...um de 200 gb da seagate e 1 de 40 da maxtor aqui...o primeiro esta particionado em uma unidade de 90 que uso para o Windows e o resto para dados...
Mas nao formato essa unidade a tempos e ja esta começando a aparecem problemas no win mas como tenho muita coisa instalda que uso diariamente...seria dificil formatar e começar do 0 de novo...ai eu pensei em instalar o win na unidade de 40 que tenho aqui e começar a instalar os programas aos poucos...e depois quando finalmente conseguisse acetar tudo...formataria a unidade que estou usando atualmente....
Eis que aparece minha duvida...o hd de 200 eh sata e o de 40 ata...não faria sentido em manter o sistema do ata...então estava pensando em depois que formatar essa unidade em uso agora...fazer uma copia do sistema para o hd sata...mas eu estava pensando e vi que a unidade que o sistema estaria instalado seria a E: e depois da copia com o ghost, o sistema iria para o C:, onde poderiam ocorrer erros com o regristro, pois os programas seriam inicialmente instalados como se estivesse no E:
Vai ocorrer algum erro caso faça esse processo?? Ou dara certo soh com a copia com o ghost mesmo??

Desde ja agradeço...